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 微波滅菌的原理主要基于介質(zhì)在高頻率電磁場(chǎng)中被加熱的原理。微波在幾千兆赫的高頻電磁場(chǎng)中，以周期每秒幾十億次次的頻率擺動(dòng)。電場(chǎng)正負(fù)頻繁交替變化，極性介質(zhì)也隨電場(chǎng)磁性變化而復(fù)更，相互摩擦產(chǎn)生高熱（當(dāng)微波通過(guò)某中介質(zhì)時(shí)，藥核介質(zhì)能吸收微波能量，那此微波能量就能在介質(zhì)中轉(zhuǎn)換為熱能）蛋白質(zhì)、核糖核酸和酶失活而達(dá)到滅菌的效果。

    水是微波的強(qiáng)吸收介質(zhì)，微波可讓微生物中的水分子形成電偶極性并隨電場(chǎng)改變而高速轉(zhuǎn)動(dòng)，導(dǎo)致細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)破裂，細(xì)胞分子間氫健松弛破壞。溫度的升高，使細(xì)胞中的蛋白質(zhì)凝固而造成微生物的死亡，因而達(dá)到滅菌的目的。由于微波可穿透物質(zhì)較深，一般為2～4厘米，能量隨深度增加而減少，水可強(qiáng)烈地吸收微波，多儀微波可以做藥物和水性注射液的滅菌。

    微波滅菌在中西藥生產(chǎn)中已有應(yīng)用，上世紀(jì)八十年代初，有關(guān)研究單位曾做實(shí)驗(yàn)：將含菌量高達(dá)350萬(wàn)個(gè)大鹽水混懸液密封與1～2ml的安瓶中，繼3～5kw，2450MHZ的微波作用15秒以上，安瓶溫度接近110℃，細(xì)菌全部殺滅。金黃色葡萄球菌與詞此類同，枯草桿菌芽胞含量為6～8萬(wàn)個(gè)/ML液溫應(yīng)達(dá)140℃，保持20秒鐘，可全部殺滅細(xì)菌。

    此外還對(duì)安痛定、維生素B1、維生素C、尿、慶大霉素、卡那霉素等注射液用微波滅菌除去溶液外，其余5分鐘，PH和主要成分含量都無(wú)明顯數(shù)據(jù)報(bào)道。微波滅菌與高壓蒸汽，滅菌對(duì)17種化學(xué)藥材 定性的影響，證明對(duì)高壓蒸汽滅菌穩(wěn)定的藥物，使用微波滅菌也就變化，而對(duì)高壓蒸汽滅菌不穩(wěn)定的藥物，為維生素C，阿斯匹林等用微波滅菌則比較穩(wěn)定，其分解程度降低。又如含有2000～3000個(gè)真菌孢子的生理鹽水懸混液，在3～4KW微波功率作用下，液溫達(dá)到120℃以上，在20～25秒種，既可*滅菌。