醫(yī)院污水中含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑，以及大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒。
    目前，醫(yī)療污水處理設備醫(yī)療廢水的處理工藝，主要由一級沉淀消毒處理和二級生化消毒處理工藝。醫(yī)療污水處理設備具體處理工藝可根據(jù)出水要求進行選擇。當處理廢水可排入城市污水管網(wǎng)時，采用一級處理，要求直接排放時，采用二級處理工藝。當采用一級處理流程時，醫(yī)院污水應與職工生活區(qū)污水、雨水分流，僅對醫(yī)院污水進行消毒處理；當采用二級或深度處理流程時，根據(jù)需要，職工生活區(qū)污水可與醫(yī)院污水河流進行處理，但廚房用水必須設隔油井（池）。醫(yī)療污水處理設備根據(jù)醫(yī)院污水的特點，一般采用*成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。
    厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結(jié)合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統(tǒng)則讓污水的毒性大大降低至安全值以下。傳染病醫(yī)療機構(gòu)和結(jié)核病醫(yī)療機構(gòu)污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫(yī)療機構(gòu)污水排放執(zhí)行排標準時，醫(yī)療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝），執(zhí)行預處理標準時宜采用一級處理或一級強化處理+消毒工乙。