紫外線系統(tǒng)的經濟學決定于以下因素：設備造價和壽命；電效率；運行中殺菌效果的降低程度；電費等。對于紫外線消毒系統(tǒng)的經濟分析尚未做出定論，有很多結論不同的分析報道，有觀點認為紫外線殺菌裝置電耗大，設備維護費和造價較高。對于大系統(tǒng)，設備投資比臭氧系統(tǒng)高，運行費用與臭氧相仿；但對于純凈水制造的小型系統(tǒng)投資較臭氧裝置為低。也有觀點認為對于數(shù)千噸/日以上的處理規(guī)模，紫外線消毒系統(tǒng)的投資和運行成本很具優(yōu)勢，要比加氯和臭氧消毒的花費都低得多。例如有分析資料報道，在建造人口數(shù)為10~25000范圍的小型飲用水處理廠時，紫外線、二氧化氯和臭氧消毒費用的近似比例為1:4：（8~9），對于人口數(shù)大于500000的社會團體，費用比約為1:2.5:2.5。

這些費用的估計中沒有包括采用非紫外線消毒工藝時可能附加的去除消毒副產物和隱孢子蟲孢囊的費用。另外還有分析數(shù)據(jù)顯示紫外線消毒的投資和運行成本均低于氯消毒，消毒成本約為氯的一半，但其差別隨著水處理規(guī)模的擴大而縮小。

在法國和前蘇聯(lián)，紫外線消毒局限于小型設備，所建立的大型設備是將紫外線燈串聯(lián)安裝在濾后水的總管內。在美國紫外線消毒也限于小設備和泳池，并常與其他消毒劑聯(lián)用。但在實際應用中報道采用紫外線消毒的飲用水廠的規(guī)模已有超過150萬噸/日。